Epidemiología molecular del virus de la bronquitis infecciosa aviar en Uruguay

Resumen

El virus de la bronquitis infecciosa (IBV) es causante de la bronquitis infecciosa, una de las enfermedades económicamente más importantes que afectan a la industria avícola mundial. La gran variabilidad genómica del IBV es consecuencia de altas tasas de mutación y eventos de recombinación seguidos de selección. La región codificante de la porción S1 de la glicoproteína de superficie presenta la más alta variabilidad, por lo que es utilizada ampliamente para la clasificación genética del IBV en genotipos y linajes. Desde hace 15 años, nuestro laboratorio se ha enfocado en diagnosticar y caracterizar las cepas de IBV circulantes en nuestro país. Los diagnósticos fueron realizados por RT-qPCR, la caracterización genética primaria de las cepas por secuenciación Sanger de la región codificante de S1, mientras que la caracterización genómica la realizamos mediante secuenciación NGS Illumina. Un único brote del linaje GI-16 fue detectado en 2009. El linaje GI-16 surgió alrededor de 1979 en Europa o Asia y ha tenido una gran distribución a nivel mundial. En el período 2010-2022 únicamente detectamos cepas del linaje GI-11 circulando en la industria avícola de nuestro país. El linaje GI-11, que se encuentra exclusivamente en Sudamérica, surgió en la década de 1950 y por muchos años fue el linaje predominante en Uruguay, al igual que en Brasil. En el año 2022 comenzamos a detectar cepas del linaje GI-23. Este linaje preocupante, asociado a casos de la enfermedad grave, surgió en Medio Oriente y se ha propagado a la avicultura comercial en todo el mundo desde los años 2000, inclusive en Brasil, que ha reportado un aumento de brotes de GI-23 desde el año 2021. El análisis de los genomas completos de estos tres linajes detectados en Uruguay y su comparación con genomas disponibles a nivel regional y mundial revela una historia de recombinación compleja del IBV en el continente. Para comprender profundamente el patrón de variabilidad genética y la historia evolutiva de las variantes de IBV en Uruguay es necesario un muestreo geográfico y temporal más amplio.