Cambios genómicos de cepas sudamericanas del virus de bronquitis infecciosa durante su atenuación en huevos embrionados

Resumen

El virus de la bronquitis infecciosa (IBV) es el agente etiológico de la bronquitis infecciosa, una de las enfermedades más relevantes que afectan a la industria avícola mundial. Desde su descripción en la década de 1930, decenas de variantes genéticas y antigénicas han surgido en todo el mundo. Con el fin de controlar esta enfermedad, se han desarrollado y aplicado diversas vacunas atenuadas para las distintas variantes de IBV. Se ha demostrado que, a lo largo de este proceso de atenuación, el virus acumula mutaciones a lo largo de su genoma. En este trabajo, se adaptaron cepas uruguayas de IBV de los linajes GI-11 y GI-16 a huevos embrionados mediante 75 pasajes seriados. Cada 10 pasajes se analizó su genoma completo mediante secuenciación Illumina. Como resultado, las cepas adaptadas a huevos embrionados causaron muerte temprana en los embriones y desarrollaron una mayor eficiencia de replicación viral. En la cepa atenuada de linaje GI-11, luego de 75 pasajes, se acumularon 29 cambios a nivel genómico: 7 sinónimos, 20 no sinónimos y 2 sin sentido. En el caso de la cepa atenuada de linaje GI-16, se identificaron 35 cambios: 9 sinónimos, 24 no sinónimos y 2 sin sentido. En ambas cepas atenuadas, la mayoría de los cambios se dieron en los ORFs 1a y S. Adicionalmente, la cantidad de variantes virales aumentó en los sucesivos pasajes. En el caso de la cepa de linaje GI-11, se identificaron 39 variantes (mayores al 5 %) en el pasaje 10, mientras que en el último pasaje se encontraron 73 variantes. Por otra parte, en la cepa de linaje GI-16 se encontraron 31 variantes, valor que aumentó a 91 en el último pasaje. A pesar del amplio uso de las vacunas atenuadas en la industria avícola, los procesos y las fuerzas selectivas que llevan a la atenuación viral a lo largo de los pasajes en huevos embrionados son desconocidas; no se ha determinado la contribución diferencial de las mutaciones de novo en comparación con la selección de variantes menores ya presentes en la población viral.